Al sinds 2010 houdt Batenburg Beenen zich bezig met de reductie van CO2. Batenburg Beenen volgt de richtlijnen van de CO2-prestatieladder, welke door de Stichting Klimaatvriendelijk Aanbesteden & Ondernemen (SKAO) wordt gewaarborgd. Diverse reductiemaatregelen hebben er uiteindelijk toe geleid dat de uitstoot van CO2 de afgelopen 10 jaar met ruim 50% is gedaald. Een schoner en zuiniger wagenpark (waaronder elektrisch), zonnepanelen en windenergie, toepassen LED-verlichting en verbetering isolatie zijn voorbeelden van de verschillende maatregelen welke hebben bijgedragen aan de totale reductie. Middels het energiemonitoringssysteem wordt het verbruik in de panden nog steeds gemeten waardoor er regelmatig weer nieuwe besparingsmogelijkheden worden ontdekt. Binnen de werkgroep Milieudoelstellingen worden nieuwe ideeën besproken en getoetst op haalbaarheid.

Voor 2025 is een nieuwe doelstelling van 10% reductie (ten opzichte van 2020) gesteld. De reductie zal voor een groot deel behaald moeten worden in het zakelijk verkeer, waarbij de nadruk met name op het elektrificeren van het wagenpark zal komen te liggen. Vanaf 2022 laat Batenburg Beenen zich, wederom, certificeren voor de CO2 prestatieladder.